休職した年は、確定申告でお金が戻ることがあります

最終確認日：2026-08-25カテゴリ：休職ガイド

なぜ戻ってくるのか

毎月の給与から引かれている所得税は、1年間その額をもらい続ける前提で計算された概算です。年の途中で給与が止まると、実際の年収は想定より少なくなります。

その差を精算するのが年末調整、または確定申告です。納めすぎた分が返ってきます。

傷病手当金は、所得に入りません

傷病手当金は非課税です。所得税も住民税もかかりません。

つまり、休職して給与が止まり、傷病手当金だけになった年は、課税される所得が大きく下がります。 それだけ、納めすぎている可能性が高くなります。

年内に復職した場合	会社の年末調整で精算されるのが一般的です。書類が届いたら提出してください
年末時点で休職中の場合	会社が年末調整をしてくれることが多いのですが、扱いは会社によります。総務に確認してください
年内に退職した場合	年末調整されないため、自分で確定申告をしないと戻ってきません

3つ目が最も見落とされます。退職した年は、放っておくと納めすぎたままになります。

1年間に支払った医療費が一定額を超えると、その分だけ課税所得が減ります。

通院と服薬が続いていた年は、思っているより金額が積み上がっていることがあります。

休職中に自分で会社へ振り込んだ社会保険料、退職後に払った国民健康保険料・国民年金保険料は、 全額が所得から差し引けます。これも忘れられやすい項目です。

国民年金は控除証明書が届きます。国民健康保険は自治体が発行する納付額のお知らせを使います。

確定申告の受付は、原則として翌年2月16日から3月15日です。

ただし、還付を受けるための申告（還付申告）は、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。過去の年の分が未申告であれば、いまからでも間に合う可能性があります。

体調が重いときは、時期をずらしても大丈夫です

還付申告は5年間できます。2月から3月の混雑した時期を避けても間に合います。

作成は国税庁のサイト上でできます。窓口に行かずに、郵送や電子申告で提出できます。

確定申告をすると、その内容が市区町村にも伝わります。所得が下がった分だけ、翌年の住民税も下がります。

住民税は前年の所得にかかるため、休職した年の翌年に重くのしかかります。ここを軽くできる数少ない手段です。

確認してください

ここに書いた内容は一般的な説明です。実際の取り扱いは、加入している健康保険、勤務先の就業規則、お住まいの自治体によって異なります。ご自身のケースは、必ずそれぞれの窓口にご確認ください。

休職開始日を入れると、確定申告の受付開始も期日として並びます。カレンダーに入れておけます。

出典

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休職を経験され、そのあとの経過を共有してもよいという方を探しています。当事者の記録について