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休職中の年末調整は、どうなりますか。傷病手当金の扱い

傷病手当金は、年末調整にも確定申告にも出てきません。ただ、社会保険の扶養では収入に数えます。ここが混ざりやすいところです。

短く言うと

  • 12月31日に在籍し、扶養控除等申告書を出していれば、休職中でも年末調整の対象です
  • 傷病手当金は非課税。年末調整の計算に入れません
  • ただし社会保険の扶養(130万円)の判定では、傷病手当金も収入に数えます
最終確認日:2026-08-25カテゴリ:休職ガイド

休職中でも、年末調整の対象です

国税庁は、年末調整の対象を「年末調整を行う日までに給与所得者の扶養控除等(異動)申告書を提出している人」としています。 対象から外れるのは、年の途中で退職して12月31日に在籍していない人などです。

休職は退職ではないので、会社に在籍しています。扶養控除等申告書を出していれば、休職中でも年末調整の対象です。

ただ、給与の支払いがない月が続いている場合、いつ精算するか、戻ってくる税金をどう受け取るかは、会社によって違います。 人事や給与の担当に、先に聞いておくところです。

年末調整の対象12月31日に在籍年の途中で退職すると対象外になり、確定申告で精算します
傷病手当金非課税健康保険法第62条・所得税法第9条。年末調整に入れません
社会保険の扶養130万円未満傷病手当金も収入に含めます。見込み額で判定します
医療費控除確定申告年末調整では受けられません

傷病手当金は、年末調整に入れません

傷病手当金には、所得税も住民税もかかりません。健康保険法第62条と所得税法第9条で、非課税と定められています。

年末調整で計算するのは、会社から支払われた給与です。 傷病手当金は健康保険から出るお金なので、会社の年末調整には出てきません。

一方、会社が独自に出す休職中の手当は、給与として扱われます(所得税法第28条)。 同じ「休職中にもらうお金」でも、出どころで税金の扱いが変わります。

健康保険の傷病手当金非課税。年末調整にも確定申告にも入れない
会社が出す休職中の手当給与として課税。年末調整に入る

給与が減った年は、所得税が戻ることが多い

毎月の給与から引かれる所得税は、その月の給与が1年続く前提の額です。 年の途中で給与が止まると、1年ぶんとしては引かれすぎになります。

その差が、年末調整で戻ってきます。仕組みは 傷病手当金に確定申告は必要ですか。休職した年に戻るお金に書いています。

扶養の判定では、傷病手当金の扱いが2つに分かれます

「扶養」という言葉は、税金と社会保険で別々に使われています。傷病手当金の扱いは、両者で逆になります。

税金の扶養
(配偶者控除・扶養控除)
傷病手当金は所得に数えない。非課税のため
社会保険の扶養
(健康保険の被扶養者)
傷病手当金も収入に数える。年間収入130万円未満が目安

日本年金機構は、社会保険の扶養について次のように書いています。

被扶養者の収入には、雇用保険の失業等給付、公的年金、健康保険の傷病手当金や出産手当金も含まれます。

年間収入とは、過去の収入のことではなく、被扶養者に該当する時点および認定された日以降の年間の見込み収入額のことをいいます。

たとえば休職して傷病手当金を受けている人が、配偶者の年末調整で配偶者控除の対象になることはあり得ます。 一方で、同じ人が配偶者の健康保険の扶養に入れるかどうかは、傷病手当金の見込み額で判定されます。

退職した年は、年末調整がありません

年の途中で退職して12月31日に在籍していなければ、会社の年末調整の対象から外れます。 その年の所得税は、自分で確定申告をして精算します。

退職時に受け取る源泉徴収票を、申告まで保管しておきます。

退職後も、傷病手当金は受け取れますか

年末調整では扱えないもの

医療費控除は、年末調整では受けられません。通院や薬の費用が多かった年は、年末調整とは別に確定申告をします。

傷病手当金に確定申告は必要ですか。休職した年に戻るお金
自立支援医療で、通院の負担は軽くなりますか

確認してください

ここに書いた内容は一般的な説明です。実際の取り扱いは、加入している健康保険、勤務先の就業規則、お住まいの自治体によって異なります。ご自身のケースは、必ずそれぞれの窓口にご確認ください。

戻る税金を含めて、年間の見通しを立てる

毎月の過不足と、貯金があと何か月もつかが出ます。還付の時期を見込んで、家計を組めます。

お金を整理する

出典

  • 国税庁 タックスアンサー No.2665「年末調整の対象となる人」(nta.go.jp)
  • 健康保険法第62条/所得税法第9条(非課税所得)
  • 所得税法第28条(給与所得)
  • 日本年金機構「従業員(健康保険・厚生年金保険の被保険者)が家族を被扶養者にするとき」(nenkin.go.jp)
  • 勤務先の人事・給与担当